Первое Министерство по народному просвещению и образованию - Министерство Народного Просвещения в Азербайджане было учреждено 28 мая 1918 года по решению правительства Азербайджанской Демократической Республики. решением Совета Министров от 30 июня 1918 года была утверждена его структура, состоящая из трех отделов (общее среднее образование, высшее и средне-специальное образование, профессиональные училища).
Решением Совета Министров Азербайджанской ССР от 28 апреля 1920 года министерство было реорганизовано в Комиссариат народного просвещения и все учебные заведения были переданы в его подчинение.
В 1940 году решением Совета Министров Азербайджанской ССР было создано Управление трудовых резервов, и заведения профессионально-технического образования перешли в подчинение данной структуры. В 1959 году решением правительства на базе этого управления был создан Государственный комитет по Профессионально-Техническому Образованию, который функционировал до 1988 года. В том же 1959 году решением Совета Министров Азербайджанской ССР был создан Комитет высшего и средне-специального образования при Совете Министров (с 1964 года Министерство высшего и средне-специального образования), и действовавшие в республике высшие и средне-специальные учебные заведения были переданы в подчинение данного ведомства. Министерство высшего и средне-специального образования просуществовал до 1988 года. В целом, в период с 1959 по 1998 гг. в Азербайджане функционировало 2 министерства (Министерство Народного Просвещения и Министерство Высшего и Среднего Специального Образования) и один комитет (Государственный Комитет Профессионально-Технического Образования).
В 1988 году решением Совета Министров Азербайджанской ССР все три ведомства были упразднены, и на их базе было создано Министерство Народного Образования и утверждена ее структура. Распоряжением Президента Азербайджанской Республики от 3 сентября 1993 года министерство было реорганизовано в Министерство Образования. Указом Президента Азербайджанской Республики от 1 марта 2005 года утверждено Положение министерства.
Распоряжением Президента Азербайджанской Республики от 19 апреля 2013 года Микаил Джаббаров назначен министром образования Азербайджанской Республики.