Основными направлениями деятельности сферы высшего образования и науки согласно соответствующим положениям Закона Азербайджанской Республики «Об образовании» и закона «О государственной службе», Концепции Развития «Азербайджан 2020: Взгляд в будущее» и «Государственной Стратегии по развитию образования в Азербайджанской Республике» являются следующие:
- Принимать участие при формировании государственной политики по высшему образованию;
- Принимать участие при подготовке и осуществлении концепции развития системы высшего образования, согласовывать выполнение этих концепций высшими учебными заведениями и их научными структурами в пределах своих полномочий;
С целью выполнения полномочий по направлениям деятельности осуществляется сотрудничество с отдельными министерствами и организациями, неправительственными организациями и международными агентствами.
 
Первостепенные обязанности в сфере высшего образования:
- Создает необходимые условия для удовлетворения потребности государства и общества в высокоспециализированных кадрах, осуществляет единую государственную политику в сфере подготовки кадров с высшим образованием в высших учебных заведениях республики независимо от формы подчинения и собственности, контролирует ее соответствие законодательству об образовании и государственным стандартам;
- Организует создание нормативно-правовой базы, обеспечивающей деятельности и функции системы высшего образования;
- Организует подготовку и утверждение образовательных программ, соответствующих государственным стандартам и требованиям программ;
- Осуществляет контроль над применением кредитной системы в высших учебных заведениях;
- Участвует при подготовке и реализации государственной программы и проектов в сфере высшего образования совместно с соответствующими министерствами и другими органами;
- Определяет основные направления высшего образования, принимает меры для совершенствования качества подготовки специалистов, учитывая современные требования экономики, науки, техники, культуры и искусства;
- Прогнозирует потребности страны в высших учебных заведениях и подготавливает предложения относительно рационализации сети образовательных учреждений;
- Осуществляет контроль над контролем качества и организацией учебного процесса в высших учебных заведениях путем мониторинга;
 
Регулирование деятельности по сфере высшего образования обеспечивается путем выполнения нижеследующих функций:
- Подготовка и представление на утверждение образовательных программ, соответствующих документу «государственный стандарт и государственная программа»;
 
Бакалавриат
 
Применение двухступенчатого высшего образования (бакалавриат и магистратура) впервые началось в 23 высших учебных заведениях по 80 направлениям, и более чем 300 специальностям. В течении прошедших лет в содержании образования на уровне бакалавра были проведены коренные изменения и новшества. Так, существующие правила были усовершенствованы, созданы стандарты и образовательные программы, соответствующие требованиям мировой системы образования, завершилось применение кредитной системы образования. Была создана нормативно-правовая база высшего образования на уровне бакалавра согласно Закону Азербайджанской Республики «Об образовании», утвержденной в 2009 году и «Государственной Стратегии по развитию образования в Азербайджанской Республике», утвержденной Распоряжением Президента Азербайджанской Республики от 24 октября 2013 года.
 
Магистратура

 

После первого выпуска на уровне бакалавриата высшего образования в 1997 году, с согласия Кабинета Министров Азербайджанской Республики, приказом №412 Министерства Образования от 17.06.1997 года, в 23 государственных, в 9 частных высших учебных заведениях дано разрешение для перехода на вторую степень высшего образования - магистратуру, в 23 из них был проведен прием.
До 2005 года прием в магистратуру проводился высшими учебными заведениями. В соответствии с "Уставом о Государственной Комиссии по Приему Студентов Азербайджанской Республики", утвержденной Указом №219 Президента Азербайджанской Республики от 06.04.2005 года, с того же года прием студентов в магистратуру проводится ГКПС.
В настоящее время во многих высших учебных заведениях осуществляется подготовка к магистратуре. С 2013 года в высших учебных заведениях по подготовке медицинского персонала также проводится кадровая подготовка по ординатуре.